بر اساس مسیر اول که مسیر تخصصی قرآن است مسیر دوم کلان پروژه «بالقرآن» یعنی مسیر اعجاز اجرا می شود. برای پیشبرد مسیر دوم لازم است پایگاه داده ی ویژه ای طراحی و اجرا شود با عنوان پایگاه داده اعجاز قرآن. این پایگاه داده شامل پایگاه داده های مسیر تخصصی قرآن و سایر اطلاعات و داده های لازم برای اعجاز قرآن است.
در مسیر اعجاز میزکارهای مختلف تعریف می شود: میز کار اعجاز لفظی و میزکارهای متعدد مربوط به اعجاز علمی، مثلا میز کار علم فیزیک، میز کار علم شیمی، میز کار علم نجوم، میز کار ادبیات و ... . در این میز کارها که مختصّ، متخصین علوم مختلف می باشد، براساس پایگاه داده تخصصی، مسیرهایی برای فعالیت های علمی قرآنی فراهم می شود.
در این میزکارها برای افراد متخصص علاقه مند به قرآن، فرصتی مهیا می شود که در قالبی کاملا قاعده مند به تعمق در وجه علمی قرآن بپردازند و نکات، روشها و فرضیات مربوط به عل خود را از درون قرآن استنباط و استخراج نمایند. به عنوان مثال یک قسمتی کلی از علم شیمی معطوف به این است که ترکیبات مختلف مواد مختلف پگونهانجام می شود و چه خواص و تاثیراتی را ایجاد خواهد نمود، در میز کار شیمی ترتیبی داده می شود که کاربر شیمی دان علاقه مند به قرآن بتواند مواد مختلف معرفی شده در قرآن را رصد نماید و ارتباطات بیان شده در قرآن در مورد این مواد را ببیند و در محاسبات خود لحاظ نماید. این کاربر شیمی دان می توان اطلاعات بسیاری از این دست را دیده و بر اساس آنها فرضات و پروژه های کاربردی مختلفی ایجاد کند.
بحث بعدی که در مسیر اعجاز بدان پرداخته می شود بررسی روشهای علمی قرآنی است یعنی هر متخصصی در علم خود بتواند روش های نوینی را در قرآن یافته و در شاخه ی علمی مربوط به خود آن روش ها وشیوه ها را بکار گیرد، این رویکرد مسیر اعجاز قرآن ذیل بحث فلسفه علم و روش علمی در قرآن دنبال می شود. البته شایان ذکر است که آنچه خود قرآن به عنوان وجه اعجاز خود بیان می دارد موضوعاتی فراتر از اعجاز ادبی و لفظی و یا بیان برخی از موضوعات و ظرافتهای علمی در قرآن است، در واقع وجه اعجاز قرآن در مفهوم سوره و آیه نهفته است ولیکن آنچه در این مسیر به عنوان اعجاز خوانده می شود همان اعجاز اصطلاحی است که در علوم قرآنی معروف است فلذا در این مسیر به کشف و تحلیل علمی قرآن، تفسیر علمی قرآن، برداشتهای علمی و اعجازهای لفظی در قرآن در این مسیر بررسی خواهد شد.
در واقع اعجاز قرآن تحقق یک سوره است، سوره ای که بستر نزول آیات می باشد. اعجاز قرآن در بستر ادبیات نیست بلکه ادبیات برای فهم قرآن است. اعجاز قرآن در فهم آیات قرآن است. اعجاز قرآن در فهم و نگرش آیه ای به کلام الله هست نه نگرش ادبیاتی به کلام الله. نگرش ادبیاتی به کلام الله بحث اعجاز قرآن را مکشوف نخواهد ساخت بلکه نگرش ادبیاتی به قرآن بحث فهم تفسیری قرآن را دنبال می کند که البته در جایگاه خود بسیار ضروری است چرا که لازمه و مقدمه ورود به بحث فهم قرآن و مفاهیم قرآن، پرداختنی دقیق به ادبیات و لسان قرآن است.